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建校以來，我校培養了近3萬名高素質的中醫藥人才，遍布安徽省及國內外醫藥領域。2000年以來，學校相繼與皖北中藥材支柱產業區、皖南新安醫學發源地、皖西大別山革命老區等市縣人民政府簽訂了全面科技合作協議，與河南宛西、江蘇康緣、華潤三九等國內知名中醫藥企業簽訂戰略合作協議，建有亳州濟人藥業等 25個產學研合作基地，開展50多項技術服務。經過50多年的建設，學校已發展成一所以中醫藥學科為主，相關學科協調發展，辦學層次齊全，中醫藥特色鮮明的高等中醫藥院校，為地方經濟社會發展做出了積極貢獻。
面向“十二五”，學校將深入貫徹落實科學發展觀，秉承“至精至誠、惟是惟新”的校訓理念和“北華佗·南新安”的醫學傳統，進一步堅定中醫信念，弘揚中醫精神，繼續走“質量立校、人才興校、科技強校、特色弘校、文化塑校、和諧融校”之路，解放思想，搶抓機遇，深化改革，加快建設，為創建富有特色、卓有貢獻、高水平有影響的安徽中醫藥大學努力奮斗。
